受创纪录强度的厄尔尼诺影响，巴拿马运河正遭遇严重干旱，水位持续走低。8月初，数十艘船只在运河两端排队等待通行，部分已滞留超一周——一艘集装箱船甚至支付了创纪录的400万美元以插队通过。
自5月以来，巴拿马城降雨量仅为常年同期的75%，西部城市戴维过去90天更只有60%。巴拿马运河管理局表示，整个运河流域累计降雨量较历史均值低34%，迫使运河调整运营以应对水位下降。自9月起，运河将把船舶最大吃水深度从通常的50英尺降至48英尺，并预计进一步下调，同时每日通行量也将逐步缩减至32艘。地中海航运等公司已宣布上调运河附加费，涨幅将于9月12日生效。
这场危机正通过供应链迅速传导——不仅药品、电子产品等经运河运输的商品面临涨价压力，还会对陆路运输产生连锁反应。若运河持续延误，船只将改道美国西海岸港口，货物再经铁路或卡车转运至全美。这将挤占陆路运力、推高运费，进而拉升从未经运河运输的各类商品价格。
伊朗对霍尔木兹海峡的强硬立场已推高油价。美国能源出口若经运河受阻，试图以美国原油替代中东供应的亚洲国家将面临能源成本双向上涨。史汀生中心高级研究员格丹警告，运河危机正与霍尔木兹海峡冲击叠加，“运输成本不仅传导至消费价格，更因能源获取成本上升而推高一切物价”。
国际战略研究中心（CSIS）专家齐默尔指出，霍尔木兹海峡对美国直接影响有限，但约40%的美国集装箱运输依赖巴拿马运河。8月10日特朗普已延长豁免期，允许外籍船只在美国港口间运输能源商品，以缓解伊朗战争引发的油价压力。卡托研究所数据显示，截至8月11日，豁免期已有至少49艘外籍船只经巴拿马运河通行，目前215艘船只通过该运河完成航程。若运河通行量降至2023-2024年干旱水平，美国经济将面临更大冲击——不过影响更多体现在手机、电脑、农产品等消费品价格上，而非能源价格。
