受創紀錄強度的厄爾尼諾影響，巴拿馬運河正遭遇嚴重乾旱，水位持續走低。8月初，數十艘船隻在運河兩端排隊等待通行，部分已滯留超一週——一艘集裝箱船甚至支付了創紀錄的400萬美元以插隊通過。
自5月以來，巴拿馬城降雨量僅爲常年同期的75%，西部城市戴維過去90天更只有60%。巴拿馬運河管理局表示，整個運河流域累計降雨量較歷史均值低34%，迫使運河調整運營以應對水位下降。自9月起，運河將把船舶最大吃水深度從通常的50英尺降至48英尺，並預計進一步下調，同時每日通行量也將逐步縮減至32艘。地中海航運等公司已宣佈上調運河附加費，漲幅將於9月12日生效。
這場危機正通過供應鏈迅速傳導——不僅藥品、電子產品等經運河運輸的商品面臨漲價壓力，還會對陸路運輸產生連鎖反應。若運河持續延誤，船隻將改道美國西海岸港口，貨物再經鐵路或卡車轉運至全美。這將擠佔陸路運力、推高運費，進而拉昇從未經運河運輸的各類商品價格。
伊朗對霍爾木茲海峽的強硬立場已推高油價。美國能源出口若經運河受阻，試圖以美國原油替代中東供應的亞洲國家將面臨能源成本雙向上漲。史汀生中心高級研究員格丹警告，運河危機正與霍爾木茲海峽衝擊疊加，“運輸成本不僅傳導至消費價格，更因能源獲取成本上升而推高一切物價”。
國際戰略研究中心（CSIS）專家齊默爾指出，霍爾木茲海峽對美國直接影響有限，但約40%的美國集裝箱運輸依賴巴拿馬運河。8月10日特朗普已延長豁免期，允許外籍船隻在美國港口間運輸能源商品，以緩解伊朗戰爭引發的油價壓力。卡託研究所數據顯示，截至8月11日，豁免期已有至少49艘外籍船隻經巴拿馬運河通行，目前215艘船隻通過該運河完成航程。若運河通行量降至2023-2024年乾旱水平，美國經濟將面臨更大沖擊——不過影響更多體現在手機、電腦、農產品等消費品價格上，而非能源價格。
